Le caractère alternatif des critères de définition des zones humides soulève la question de leur prise en compte dans les projets d'aménagement et de construction. Les maitres d'ouvrage, publics ou privés, sont tenus de compenser les zones humides, par des mesures de réhabilitation ou de recréation, sur un terrain situé à proximité du site impacté. Les porteurs de projet sont notamment soumis aux orientations des schémas directeurs d'aménagement et de gestion des eaux (Sdage) pour concevoir leurs mesures compensatoires.