Les travaux de recherche de Claude Habib portent essentiellement sur la littérature française du XVIIIe siècle. C’est notamment à partir d’une lecture de Jean-Jacques Rousseau qu’elle commence à réviser son féminisme spontané, initialement universaliste et d’inspiration beauvoirienne. A l’école de Rousseau, elle reconnaît la valeur de la division sexuée. Dans son dernier livre, elle mène une enquête sur « la question trans » et montre comment l’expansion de la demande de transition d’identité rencontre la question du féminisme en suscitant de nouvelles interrogations et divisions.