Certains des motifs de saisine de l'ancien comité médical sont remplacés par une saisine directe d'un médecin agréé par l'employeur, dont les conclusions peuvent être contestées. Le conseil médical bénéficie également de compétences nouvelles, comme celle d'être systématiquement consulté pour avis pour l'octroi d'une première période de congé de longue maladie. La réglementation prévoit les cas dans lesquels l'employeur à l'obligation de mandater un médecin agréé inscrit sur la liste de médecins agréés par l'agence régionale de santé.