Issu de la fusion du comité médical et de la commission de réforme, le conseil médical, instance médicale unique, est institué. Le conseil médical se réunit en deux formations : restreinte, qui s'apparente au comité médical sous son ancienne forme, ou plénière, qui ressemble à l'ancienne commission de réforme. Lorsque le fonctionnaire sollicite une saisine du conseil médical, l'autorité territoriale dispose d'un délai de trois semaines pour la transmettre au secrétariat de cette instance.

Certains des motifs de saisine de l'ancien comité médical sont remplacés par une saisine directe d'un médecin agréé par l'employeur, dont les conclusions peuvent être contestées. Le conseil médical bénéficie également de compétences nouvelles, comme celle d'être systématiquement consulté pour avis pour l'octroi d'une première période de congé de longue maladie. La réglementation prévoit les cas dans lesquels l'employeur à l'obligation de mandater un médecin agréé inscrit sur la liste de médecins agréés par l'agence régionale de santé.