Sacha et ses amis arrivent dans une grande ville où un groupe de cinq Genesect ont trouvé refuge. Mais ces pokémons légendaires deviennent vite un problème puisque leur nid menace l'alimentation électrique de la ville et ils attaquent quiconque s'en approche. Bientôt Mewtwo arrive, attiré par ces pokémons qui lui ressemblent.