Les microbiotes des différentes parties du corps humain vont se mettre en place progressivement à partir de la naissance avec une forte dynamique durant la période des 1000 premiers jours après la naissance (Xiao et Zhao, 2023). Plusieurs périodes « d’opportunités » d’acquisition des microbiotes et d’apprentissage du système immunitaire vont conditionner le bien-être et la santé tout au long de la vie. Les microbiotes de la mère pourront tout particulièrement influencer ces acquisitions (Tian et al., 2023). Ainsi, une bonne santé maternelle conditionne une bonne santé du fœtus et du nouveau-né. Cependant, de nombreux autres facteurs peuvent influencer ces divers apprentissages (facteurs génétiques, âge, état de santé général, mode de vie, médications, mode de naissance, naissance à terme ou prématurée, alimentation, facteurs environnementaux). La complexité des microbiotes et de leurs interactions rend souvent difficile l’établissement de liens directs de cause à effet de l’apparition de différentes pathologies. Une naissance à terme, par voie basse, suivie d’une alimentation au lait maternel sont les règles d’or d’un développement optimal du microbiote intestinal du nouveau-né. Nous présenterons les travaux de compréhension de mise en place et de dynamique du microbiote digestif chez le nouveau-né.