Inspiré de la célèbre bande dessinée "Little Orphan Annie", créée en 1924 par Harold Gray, "Annie" raconte l'histoire d'une orpheline de dix ans qui doit se battre contre la méchanceté et le despotisme de ses geôliers. Sa rencontre avec le milliardaire Olivier Wabucks va renverser la situation.

Afin de récupérer un chargement d'or volé, un shérif laisse filer Tom Tanner, bandit notoire, qu'il fait suivre par le Marshal Barclay. Sans révéler son identité, Barclay gagne la confiance de Tanner en le sauvant de deux truands. Mais Tanner réussit à disparaître. En voulant acheter un autre cheval, Barclay fait la connaissance de Karen. Il reprend la route pour Twin Forks, ville tenue de manière autoritaire par le père de Karen où il retrouve Tanner. L'appât de l'or aidant, les esprits s'échauffent à Twin Forks.

Malgré des personnalité très différentes, Philly Boys Al et Birdy sont amis depuis le lycée. Al est le sportif type, aimé de tous et extraverti. Birdy est tout le contraire. Il est le gars bizarre, dans son monde et Al le surnomme Birdy à cause de sa fascination - son obsession - pour les oiseaux et leur capacité à voler. À leur retour de la guerre du Vietnam, Al souffre d'un stress post-traumatique et de blessures sévères au visage, qui nécessitent une chirurgie importante. Birdy, quand à lui, après avoir disparu pendant un mois, a été retrouvé et considéré comme déserteur. Depuis son retour, il est enfermé en psychiatrie et reste mutique. Al est donc envoyé dans l'institut où Birdy est soigné pour essayer d'aider les médecins à le sortir de son état catatonique. Très vite, Al, qui a toujours eu des problèmes avec l'autorité, s'oppose aux médecins et au diagnostic qu'ils ont posé. Il va tout faire pour aider son ami à sortir de là...