L'indépendance du commandement suprême des armées fut la pierre de touche des relations entre politiques et militaires sous le Japon impérial. Souvent critiquée par l'historiographie japonaise et occidentale comme ayant favorisé la montée du militarisme au Japon, cette "indépendance" remonte à la création d'un état-major général détaché du ministère de l'Armée en 1878. Au départ, cette indépendance n'a pas été pensée comme telle par les dirigeants de Meiji, mais comme une autonomisation du haut commandement par rapport au pouvoir exécutif, puis la Diète impériale, pour des raisons à la fois techniques et politiques, dans un environnement caractérisé par la montée en puissance d’une opposition libérale à l'oligarchie de Meiji, et l'exacerbation des luttes d'influence entre les clans qui se partagent le pouvoir après la Restauration de 1868. Symbolisée par le droit d'accès direct au trône du haut commandement, l'autonomisation du haut commandement fut au départ un instrument de dépolitisation des forces armées. Mais avec le processus de différenciation des élites politiques, administratives et militaires du pays qui s'amorce à la fin de l'époque de Meiji, elle va fournir les instruments institutionnels d'une ingérence accrue des militaires dans les affaires gouvernementales et compromettre définitivement l'autorité du Cabinet.